Terminada la Guerra del Pacífico, en 1883, se inauguró este templo en agradecimiento por la finalización de ese conflicto bélico. Su nombre original fue “Gratitud Nacional al Sagrado Corazón de Jesús”. Hasta 1901 reposaron allí los cuerpos de varios héroes de esa guerra y los corazones de los héroes de la Batalla de la Concepción. En noviembre de 1891, los Salesianos se hicieron cargo de esta iglesia y desde el 11 abril de 1954 toma el nombre de Santuario María Auxiliadora.

San Juan Bosco, fundador de los Salesianos, fue un gran devoto de la Virgen bajo la advocación de “María Auxiliadora” y la tomó como patrona de su congregación. En Ella vio el fundador la ayuda que la humanidad necesita para su redención. También venera a la Virgen como el auxilio de la humanidad y de la patria. La imagen de María Auxiliadora que preside el presbiterio es una reproducción de la pintura ideada por San Juan Bosco, ubicada en la basílica de Turín.